什么是股权投资溢价？
首先明确一个概念，对于PE/VC而言，所谓的“溢价”指的是投资价格与清算价值之比，而不是市场价值与清算价值之比（当然，前者可折算成后者）。因为投资过程中存在风险等因素，所以投资价格会比清算价值低；反之，若预期能实现较高收益，则投资价高。所谓“溢价”其实是指对风险因素的补偿。 然后来看题主的问题。
1、“假设A向B进行了500万元的借款，年利率12%” 假设条件太多，就按题主给的条件计算吧。年利率12%相当于年化8%的单利，500万本金一年之后本息和为500+500*12%=560万元。
2、“那么B在出售资产给C的时候，是不是应该把这部分利息扣除后，把剩余的钱支付给C呢？” B转让资产时是否应该从收入中优先扣除这500万的本金及相应的利息？理论上说，当且仅当这笔资金属于借款性质时才这么算。如果B是作为股东向C分红，则不需要扣除这些本金及其对应的利息。 判断一笔资金的性质很重要。这里涉及到两个问题：一是B向谁借钱，二是B把钱用于做什么。
3、“那么B应该收取的费用应该是560-500=60万元对吧？” 如果B确实借到了500万元，并且将这笔钱用于了生产经营（比如买了一台机器设备）。此时，因为生产经营需要持续投入，所以短时间内无法盈利以支付这笔借款的利息，利息只能计入生产成本。这样核算下来，产品的成本包括原料、工费以及利息。如此核算，最终产品卖不出好价钱甚至可能亏本，生产必须停止才能还款并支付相应的费用。这样的企业经营下去肯定要赔钱了。 所以，在这种情况下，企业虽然欠银行500万元，但银行收取的利息并不是60万元，而是零——实际上，银行的存款利率通常都低于贷款利率，否则银行就不可能赚钱了。
综上，题主的这个问题实际是在问企业资产负债表的计量问题。